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Les congéspour raison de santé

Les congés pour raison de santé ouverts aux agents publics sont prévus par le code général de la fonction publique et les textes réglementaires relatifs aux conditions d’emploi applicables aux différentes catégories d’agents publics.

Ils varient en fonction du statut des agents publics pour tenir compte de leurs régimes respectifs de sécurité sociale. Ils présentent un degré de protection croissante selon la nature de la maladie, son niveau de gravité et la nécessité d’un traitement et de soins prolongés. Ces congés ne se cumulent pas, mais ils peuvent parfois rétroagir les uns sur les autres.

Sauf exceptions, un délai de carence d’une journée s’applique sur le premier jour d’arrêt de travail des agents publics.

Le congé de maladie ordinaire (CMO)

L’agent territorial qui se trouve dans l’incapacité de travailler en cas de maladie ou suite à un accident d’origine non professionnelle transmet un certificat d’arrêt de travail à son employeur sous 48 heures.

Il bénéficie alors d’un droit à congés de maladie, communément dénommé « congé de maladie ordinaire » ou CMO.

Les règles du congé maladie s’apprécient selon le statut de l’agent qui peut être un agent de droit public (fonctionnaire CNRACL, fonctionnaire IRCANTEC, agent contractuel de droit public) ou un agent contractuel de droit privé.

La durée du congé de maladie ordinaire, nécessairement limitée dans le temps, peut être d’un an maximum pendant une période de 12 mois consécutifs.

Pendant cette période, la rémunération de l’agent est partiellement maintenue. L’article 189 de la loi n°2025-127 du 14 février 2025 de finances pour 2025 vient modifier les règles de rémunération prévues par l’article L.822.3 du CGFP (consulter l’actualité juridique en ce sens). A compter du 1er mars 2025, le fonctionnaire perçoit :

  • 90% de son traitement dans la limite de 3 mois soit 90 jours (à l’exception du jour de carence, sauf cas dérogatoires);

A noter : Jusqu’ici, le plein traitement était maintenu durant les 3 premiers mois du CMO.

  • Au-delà, un demi-traitement dans la limite de 9 mois soit 270 jours (règle inchangée).

Par ailleurs, le décret n°2025-197 du 27 février 2025 étend cette règle de réduction de l’indemnisation durant les congés de maladie ordinaire aux agents contractuels de droit public (consulter l’actualité juridique en ce sens).

Après confirmation de la DGAFP, la mesure nouvelle s’applique aux arrêts de travail intervenant à compter du 1er mars 2025.

Les arrêts « à cheval » entre février et mars 2025, par exemple, ne sont donc pas concernés (exemple d’un agent arrêté pour 1 mois du 20 février au 20 mars).

En revanche, tout envoi d’un nouvel arrêt de travail constitue un nouveau CMO, même s’il prolonge une période précédente de CMO, qui fait l’objet d’une baisse de rémunération à compter du 1er mars 2025. 

A savoir également :

  • Le placement en CMO peut engendrer une retenue au titre de la journée de carence;
  • Les droits à 90% ou à demi-traitement sont décomptés, pour chaque jour d’arrêt de travail, en fonction des jours d’arrêt à 90% ou demi-traitement déjà accordés au cours des 12 mois précédent;
  • Au delà de 6 mois consécutifs en CMO, l’autorité territoriale doit saisir un médecin agréé pour effectuer un contrôle médical;
  • Au-delà de 12 mois consécutifs en CMO, la reprise de travail est soumise à l’avis du conseil médical.

La rédaction d’un arrêté individuel est nécessaire en raison de l’impact financier de la réforme sur la situation individuelle de l’agent public.

Fiche pratique CMO fonctionnaire CNRACL Fiche pratique CMO fonctionnaire IRCANTEC Fiche pratique CMO contractuel de droit public Fiche pratique CMO contractuel de droit privé Modèle d'arrêté de mise en CMO initial - Fonctionnaire CNRACL - 90% ou demi-traitement Modèle d'arrêté de prolongation en CMO - Fonctionnaire CNRACL - 90% ou demi-traitement Modèle d'arrêté de mise en CMO initial - Fonctionnaire IRCANTEC - 90% ou demi-traitement Modèle d'arrêté de prolongation en CMO - Fonctionnaire IRCANTEC - 90% ou demi-traitement Modèle d'arrêté de mise en CMO initial - Contractuel de droit public ayant plus de 4 mois d'ancienneté - Plein ou demi-traitement Modèle d'arrêté de prolongation en CMO - Contractuel de droit public ayant plus de 4 mois d'ancienneté - Plein ou demi-traitement Modèle d'arrêté de mise en CMO initial - Contractuel de droit public - Sans traitement

Le congé de longue maladie (CLM)

Un agent (titulaire ou stagiaire) peut être placé en congé de longue maladie (CLM), après avis du conseil médical lorsque sa maladie présente un caractère invalidant, de gravité confirmée et nécessite un traitement et des soins prolongés. Le CLM peut durer 3 ans maximum. L’agent perçoit un plein traitement pendant la première année, puis un demi-traitement les 2 années suivantes.

Les maladie figurant sur une liste fixée par arrêté ouvrent droit à CLM. Cette liste n’est pas limitative : un CLM peut être accordé pour d’autres maladies après avis du conseil médical.

Modèle d'arrêté de placement ou renouvellement d'un CLM - Fonctionnaire CNRACL - Plein ou demi-traitement

Le congé de grave maladie

Les agents contractuels bénéficient d’un droit à un congé de grave maladie sous condition d’ancienneté. La maladie doit nécessiter un traitement et des soins prolongés et présenter un caractère invalidant et de gravité confirmée.

Le congé de grave maladie est accordé ou renouvelé par périodes de 3 à 6 mois dans la limite de 3 ans au total.

Pendant le congé de grave maladie, l’agent perçoit des indemnités journalières (IJ) dans les mêmes conditions qu’un salarié du secteur privé.

Modèle d'arrêté portant placement ou renouvellement d'un congé de grave maladie - Agent IRCANTEC - Plein ou demi-traitement

Le congé de longue durée (CLD)

Le congé de longue durée (CLD) peut être attribué, après avis obligatoire du conseil médical, si l’agent atteint d’une maladie grave (cancer, maladie mentale). L’obtention du CLD est soumise à conditions. Il peut prolonger la période à plein traitement d’un congé de longue maladie (CLM). Le congé peut durer jusqu’à 5 ans, pendant lesquels l’agent perçoit sa rémunération. Des examens médicaux réguliers permettent de vérifier s’il remplit toujours les conditions ouvrant droit au CLD.

Modèle d'arrêté portant placement ou renouvellement d'un CLD - Fonctionnaire CNRACL - Plein ou demi-traitement

Le congé pour incapacité temporaire imputable au service (CITIS)

Un agent en incapacité temporaire de travail à cause d’un accident de service ou d’une maladie professionnelle a droit à un congé pour invalidité temporaire imputable au service (CITIS). Le CITIS est accordé sur demande du fonctionnaire. Le congé est accordé jusqu’à la guérison ou la mise à la retraite. Le fonctionnaire conserve l’intégralité de son traitement indiciaire, de l’indemnité de résidence et du supplément familial de traitement.

Notice récapitulative - Le CITIS Déclaration de l’agent CNRACL - Accident de service / d’accident de trajet Déclaration de l’agent CNRACL - Maladie professionnelle Modèle d'arrêté de reconnaissance CITIS - sans arrêt de travail - Agent CNRACL Modèle d'arrêté de reconnaissance CITIS - avec arrêt de travail - Agent CNRACL Modèle d'arrêté de reconnaissance CITIS - Rechute - sans arrêt de travail - Fonctionnaire CNRACL Modèle d'arrêté de reconnaissance CITIS - Rechute - avec arrêt de travail - Fonctionnaire CNRACL Modèle d'arrêté de placement en CITIS à titre provisoire suite AS, AT, MP - avec arrêt de travail - Fonctionnaire CNRACL Modèle d'arrêté de refus de reconnaissance CITIS - Fonctionnaire CNRACL Modèle d'arrêté de refus de reconnaissance CITIS - Rechute - Fonctionnaire CNRACL Modèle d'arrêté de reconnaissance accident du travail ou maladie professionnelle - sans arrêt - agent IRCANTEC Modèle de mise en congé pour accident du travail ou maladie professionnelle - avec arrêt - agent IRCANTEC Certificat médical final Le rapport hiérarchique
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